Der Verein wurde in der 2. Geschäftssitzung definitiv konstituiert und der erste Vorstand gewählt dem doch Eicke als Vorsteher und Kneipwart leitete. Somit zählte der Verein im ersten Semester 16 Mitglieder und sein erstes Ehrenmitglied Privatdozent Dr. Josef Bach. Im 2. Semester wurden aufgrund innerer Stimmen die Statuten bereits nachüberarbeitet. Nach einigem hin und her einigte man sich auf einen 5-köpfigen Vorstand und gelockerte Statuten. Mit Ende des SS 1866 verließ August Eicke die Münchner Universität. Seine Mission erfüllt, die erste katholische nichtfarbentragende Studentenverbindung Münchens gegründet zu haben, überließ er den weiteren Außbau jüngeren Kräften. Der Verein wurde nach und nach in München und darüber hinaus zu einem Sammelpunkt für jene katholischen Studenten, die der farbentragenden Aenania nicht beitreten wollten. Durch weitere Modifikationen an den Statuten wurden letztenendes auch Eickes Träume eines Wiederzusammenschlusses der Dachverbände zerstört. Der neue Vorstand arbeitete mit Nachdruck darauf hin, dass der Verein in den Verband nichtfarbentragender Vereine aufgenommen werde. Man ging von Eickes ursprünglichen Standpunkt der Neutralität ab und passte sich den Formen der Vereine an. Ein Beitritt wurde am 9. Januar 1867 beschlossen und die Statuten bezüglich der Farben angepasst.

In kommenden Jahren kamen des öfteren Zweifel darüber auf, auf welchen Otto der Name Ottonia zu beziehen wäre. Nach dem früheren Philistersenior Fritz Hilble aufgrund damals noch vorhandener Unterlagen schildert es folgendermaßen:

„Die Frage, wieso 10 Jahre nach der Gründung der „Münchner Katholische Studentenverein“ den namen „Ottonia“ wählte, konnte aus den Protokollbüchern und Erklärungen von damals Beteiligten einwandfrei gelöst werden. Die Aktiven des betreffenden Sommersemesters 1876, die man danach fragte, schwiegen sich sonderbarerweise aus. Dass man einen solchen Schritt unternahm, wurde damit begründet, dass im Laufe der Jahre in München noch andere katholische Studentenvereinigungen entstanden waren, sodass diese Bezeichnung für den Verein als Anmaßung bezeichnet wurde. Weiterhin war die Gruppe, die am alten Namen festhielt und einen Namen auf -ia verwarf, infolge des Wegzugs von Alois Panzer ihres Führers verlustig gegangen. So wurde auf einem „engeren“ Konvent der Antrag auf Änderung des Namens gestellt und zwar wurde „Markomannia“ vorgeschlagen. In einer Geschäftsordnungsdebatte wurde festgestellt, daß dieser Antrag sache eines „allgemeinen“ Konvents sei. Auf diesem stellte dann Hoferer den Antrag, dem Verein den Namen „K.St.V. Rhäetia“ zu geben. Wiederum ergab sich eine Geschäftsordnungsdebatte und der Antrag wurde wieder an den engeren Konvent verwiesen. Am 1. Juni 1876 wiederholte Hoferer seinen Antrag auf dem engeren Konvent und man trat auch in Verhandlungen über den Antrag ein. Dabei stellte Werner, der Autor des Zirkels, den Antrag:

• 1. der Name des Vereins wird geändert;
• 2. er heißt künftig „K.St.V. Rhaetia“.

1928 komplettierte Martini, der als einer der letzten noch auch eigener Erinnerung sprechen konnte: „Im SS 1876 war ich aktiv und nahm lebhaften Anteil an den Verhandlungen über die Namenswahl. Zur Begründung des Namens Ottonia wurde eine Reihe großer deutscher Männer mit dem Namen Otto genannt, darunter besonders Kaiser Otto I., Pfalzgraf Otto I. von Wittelsbach und Bischof Otto von Freising. Es wurde darüber nicht abgestimmt, nach welchem dieser Ottonen der Verein genannt werden sollte, sondern man wollte jedem, der für den Namen Ottonia stimmte, freigestellt lassen, im Hinblick auf welchen Otto er sich dafür entschied. Für damals traf sicher zu, was das Handbuch schrieb: Der Name Ottonia sei zur Erinnerung und zu Ehren der großen deutschen Vergangenheit gewählt worden.“ Aus dem ersten Wappen geht jedoch hervor, daß der Name Ottonia auf Kaiser Otto zurückgeführt werden soll.