Bezüglich der Farben hat Martini bis auf die Verankerung bereits in den Gründungsstatuten, also vor der Namensgebung und vor der Schaffung des Wappens, in seiner Aktivenzeit nie mehr erfahren können.

Das von Martini selbst gezeichnete Wappen, das 1876 angenommen wurde, zeigt ist in seinem Original durch horizontale und vertikale Teilung und ein, auf den Schnittpunkt aufgebrachtes, Herzschild und ist somit in 5 Teile aufgeteilt. Das Herzstück enthält das Wappen der Universität München als Symbol des ersten Prinzips – Maria mit dem Jesuskind unter baldachinartiger Umrahmung auf grünem Grund –. Das 1. Feld enthält die schräg rechts gestellten Farben weiß-rot-gold, das 2. Feld das Münchner Kindl auf weißem Grund, im 3. Feld war das springende weiße Ross auf rotem Grund, im 4. Feld der Zirkel auf weißem Grund. Über dem Ross schwebte eine goldene Kaiserkrone. Daraus lässt sich, wie Martini schreibt, ohne Schwierigkeiten erkennen, dass diese Aufnahme des Wappens des Sachsenstammes mit einer über dem Kopf des Rosses schwebenden Kaiserkrone keine andere Bedeutung haben kann, als dass der Name Ottonia bewusst und gewollt auf Kaiser Otto I. zurückzuführen ist. Später hat man das Sachsenross entfernt und an seine Stelle durch Tausch mit dem Zirkel auf das 4. Feld ein weiß-blau gerautes Feld mit aufliegendem Löwen gesetzt. Martini vertritt die Auffassung, dass man in späteren Jahren die Ableitung des Namens Ottonia von Kaiser Otto I. offenbar aus einer betont bayerischen Einstellung nicht mehr wahrhaben wollte und deshalb das so deutlich sprechende Wappenbild durch das andere ersetzte, das bestimmt schien, die Ableitung des Namens von Herzog Otto von Bayern glaubhaft zu machen. Laut Martini sei die vollständige Wiederherstellung zu begrüßen.