Mit dem Hitlerputsch 1923 und dem nun stärker hervortretenden Nationalsozialismus kam es auf mehreren Konventen zu schweren Auseinandersetzungen, die mit dem Austritt von ein paar Fanatikern fürs erste zu einer gewissen Beruhigung gekommen waren. Erst 1925 gab es auf Grund der politischen Verhältnisse in der Korporation erneut Spannungen und Auseinandersetzungen, die zuletzt zum Ausschluß von 5 Bundesbrüdern, die sich zum Nationalsozialismus bekannten, führten. (Verfehlung gegen Prinzipien, gegen die Ehre der Verbindung und Korporationsdisziplin)

1933, griff das Regime in den ersten Monaten seines Bestehens überhaupt nicht in das akademische und studentische Leben ein. Bis in dem Schreiben vom 22. Juli 1933, dem 1. KV-Führerbefehl die Organisation als bislang bekannte zerstört wurde, indem ein Führer an die Spitze des Kartellverbandes gesetzt wurde, und von den Vereinen ein Korporationsführer ernannt wurde, der die Leitung der Altherrenschaft und Aktivitas übernahm. Der Konvent hatte nur mehr beratende Stimme. Der Korporationsführer ernannte den Senior der Aktivitas sowie den Philistersenior. Die Ottonia stellte einen Korporationsführer. Der Sa- oder SS-Dienst, den viele Aktive zu leisten hatten gestaltete es schwer die „von oben befohlenen“ Treffen einzuhalten, was anfangs jedoch noch einigermaßen funktionierte. Die Stiftungsfestkneipe am 26. Januar 1934 erinnerte noch einmal an die ruhmreiche Vergangenheit, bevor der 20. Januar 1934 eine schmerzhafte Entscheidung mit sich brachte: Die Aufgabe des Katholizitäsprinzips. Dies geschah dadurch, daß die einzelnen studentische Verbände direkt dem Reichsführer deutscher Studentenschaften unterstellt wurden, die Leiter der Verbände von ihm bestimmt und somit zu Zellen des Netzes gemacht wurden. Das stieß im gesamten MKV auf heftigen Widerstand. Im Ganzen führte es dazu, daß sich einige Verbindungen auflösten und andere anpassten. Die Ottonia gab nicht auf um ihren BB in dieser schweren Zeit Halt und einen Zufluchtsort zu bieten. Außerdem hätte sie das Haus wohl nicht halten können und nach dem Krieg einen Neuaufbau starten, wenn sie „die Flinte ins Korn geworfen hätte“. Von den früheren 12 MKV-Korporationen waren nur mehr 6 übrig geblieben: Albertia, Alemannia (mit Erwinia vereinigt), Ottonia, Rheno-Bavaria, Rheno-Saxonia, Saxonia. Franko-Isaria hatte sich zu Beginn des Jahres 1935 mit ihrer Mutterkorporation Ottonia vereinigt. Bis Mitte des Jahres hatten die Korporationsführer nur mehr Befehle auszuführen und keine eigene Entscheidungskraft mehr. Woraufhin am 20. November 1935 der Verband aufgelöst wird, nachdem sich, abgesehen von den Burschenschaften, alle übrigen Verbände aufgelöst hatten. Nunmehr gingen die Korporationen ihre eigenen Wege. Die Ottonia führte die Semester nahezu in gewohnter Weise durch bis sie aufgrund eines Erlaßes, der eine Überführung der Aktivitas und des Philisteriums in eine Andere Institution vorsah, gezwungen war, sich am 18. Mai 1936 aufzulösen. Der Betrieb wurde allerdings noch bis 1938 illegal weitergeführt. Am 20. Juni 1938 wurden durch einen NS-Erlaß der KV und seine sämtlichen Verbindungen als staatsfeindlch und ihr Vermögen als beschlagnahmt erklärt. Durch tollkühne Befreiungsversuche gelang es einige der Wertgegenstände und Geschäftsbücher zu retten. So wurde zum Beispiel der Fahnenstoff gerettet und sofort in der Sakristei der Universitätskirche St. Ludwig versteckt, wo er bis 1946 aufbewahrt wurde. Die Trikolore wurde bei einer AH-Witwe in Laim versteckt. So entgingen beide Fahnen dem Schicksal vieler Studentenbanner die zu einer Schaustellung nach Würzburg zusammengetragen wurden. Auch nach der Beschlagnahme des Hauses trafen sich einmal im Monat im Pschorrbräu noch einige Konphilister und Aktive, bis die letzten Aktiven eingezogen und die Bombennächte auch diese Zusammenkünfte schließlich unmöglich machten. Im 2. Weltkrieg ließen 49 Ottonen ihr Leben.